Нам дан липид в файле dppc.gro. На основе одного липида созадим ячейку с 64 липидами.
from IPython.display import Image
Посмотрим на липид.
Image(filename = "lipid.png", width=500, height=500)
и на ячейку с 64 липидами.
Image(filename = "64_lip.png", width=900, height=900)
Затем проведем оптимизацию геометрии системы, что бы удалить "плохие" контакты молекул. Изменение максимальной силы составляет 1974 с начальным Fmax = 2.295e+03.
Добавим в ячейку молекулы воды типа spc
Image(filename = "b_s.png", width=900, height=900)
и утрясем систему.
Image(filename = "b_pr.png", width=900, height=900)
Запускаем тестовое моделирование на суперкомпьтере. Номер: 1643636
from IPython.display import HTML
from base64 import b64encode
video = open('test.mp4', 'rb').read()
video_encoded = b64encode(video)
video_tag = '<video controls alt="PyMol Movie" src="data:video/mp4;base64,{0}" type="video/mp4">'.format(video_encoded)
display(HTML(data=video_tag))